El Pleno del Excmo. Ayuntamiento de Cuenca ejerce las funciones de Junta General de la empresa. Está formado por las siguientes personas.

• D. Juan Manuel Ávila Francés
• D. Darío Francisco Dolz Fernández
• Dña. Nieves Mohorte Pajarón
• Dña. María Carmen Utanda Higueras
• Dña. Mónica Serrano Latorre
• D. Enrique Hernánadez Valero
• Dña. Consuelo García López
• D. José Ignacio Nicolás Dueñas
• Dña. Ana Josefa Hoz Martín
• D. Salvador Barambio Heras
• Dña. María del Pilar Herraiz Mariana

• D. Manuel Martínez Gascueña
• Dña. Julia Cano Real
• D. Francisco Javier Pulido Morillo
• D. Javier Ruiz Rincón
• Dña. Marta María Segarra Juárez
• Dña. Alejandra Barambio Zamora
• D. Carlos Navarro Arribas
• Dña. María Josefa García Cortés
• D. Julián Huete Cervigón
• D. Pedro José García Hidalgo
• D. Pedro José de los Santos Arias
• Dña. Angustias de la Cruz Cañas
• Dña. Beatriz Jiménez Linuesa
• D.Pedro Escudero Gómez

El consejo de Administración está formado por 9 miembros, cuatro de ellos concejales de la corporación municipal -el Alcalde-Presidente y tres concejales- y tres técnicos de Excmo. Ayuntamiento de Cuenca.

• PRESIDENTE: D. Juan Manuel Ávila Francés
• CONSEJERO DELEGADO: D. Enrique Hernández Valero
• CONSEJERO: D. Darío Dolz Fernández
• CONSEJERO: D. Salvador Barambio Heras
• CONSEJERO: D. Nieves Rolanía Chico
• CONSEJERO: D. Manuel Amigo Álvaro
• CONSEJERO: D. Luís Ricardo Martínez
• INTERVENTORA: D. María José Torres Herrera
• SECRETARIO: D. Jaime Avelino Álvarez Suárez

En la actualidad, la gerencia de la empresa pública la ostenta el jefe del Servicio de Seguimiento y Vigilancia Ambiental del Ayuntamiento de Cuenca, D. Miguel Chillarón Yuste